Začetke Odjela za podmorsku arheologiju nalazimo još 1979. godine, kada se u sklopu priprema za formiranje Centra za podmorsku arheologiju pri Arheološkom muzeju u Zadru zapošljava Smiljan Gluščević kao nominalno prvi hidroarheolog u Republici Hrvatskoj. U tom sklopu u budućem Centru već otprije rade i dipl. ing. kemije i restaurator koji je već tada završio šestomjesečni tečaj za konzervaciju kamena u sklopu programa UNESCO-a u Rimu.
Sve to inicirano je još 1973. godine, kada su na ulazu u ninsku lagunu pronađena dva starohrvatska broda, a još ranije i ostatci liburnskog broda u Zatonu kod Nina. Upravo je zbog toga Grad Zadar, koji je dijelom i financirao troje djelatnika i dio materijalnih troškova (ostatak je davala RH) dao u vlasništvo Arheološkom muzeju Zadar ruševni sklop bivšeg samostana sv. Nikole. Izgrađeni su bazeni opremljeni grijačima i sistemom za miješanje pa je u njima započela konzervacija tzv. mokrog drva kao prvi takav eksperiment u jugoistočnoj Europi. Čak su i u svijetu takve metode bile rijetkost, a utemeljitelj Radionice za konzervaciju, prof. Božidar Vilhar, učio je o tome na šestomjesečnom usavršavanju u Švedskoj i kratko u Danskoj.
Mada su tijekom niza godina postignuti zavidni rezultati, poradi trajno neriješenih problema financiranja najprije odlazi restaurator, a nakon četrnaest godina iznimno uspješnog djelovanja i dipl. ing. kemije, a hidroarheolog prelazi među djelatnike Arheološkog muzeja Zadar.
Nakon osamostaljenja Republike Hrvatske Arheološki muzej Zadar 1995. godine postaje državna institucija. U sklopu novog ustroja formiran je i Odjel za podmorsku arheologiju kao prvi i do danas jedini takav odjel unutar kulturnih institucija na čitavoj jadranskoj obali.
Otkrićem brončane statue Apoksiomena u vodama otoka Lošinja 1998. godine, nakon nekoliko godina prekida aktualizira se stara ideja o Centru za podvodna istraživanja, a u sklopu njega i Radionice za konzervaciju nalaza iz mora. Do 2005. godine radove vodi Arheološki muzej, a nakon toga Hrvatski restauratorski zavod iz Zagreba u čijem je sklopu Centar konačno i formiran.
Arheološki muzej Zadar, odnosno njegov Odjel za podmorsku arheologiju, preuzima posao istraživanja na mjestu pronalaska brončane statue Apoksiomena, što do danas brojem sudionika i tehnikom ostaje najveće i najsloženije podmorsko arheološko istraživanje na Jadranu.
Odjel je uz vanjske suradnike poduzeo čitav niz manjih i većih istraživanja u jadranskom podmorju, ali i na rijekama. Vrijedno je spomenuti višegodišnja istraživanja na rijeci Cetini kod Trilja, ali i ona u rječici Norin (antički Naro flumen), koja protječe kroz antičku Naronu.
Uz niz rekognosciranja na zadarskom akvatoriju Odjel je takva pretraživanja obavljao i u Neretvanskom kanalu i Malom moru u južnoj Dalmaciji.
Istraživanja su obavljana i na sjevernom Jadranu, primjerice u Savudriji, gdje je identificirana najbolje očuvana antička riva i lukobran na istočnoj obali Jadrana, Katoru kod Umaga gdje je tijekom dvije godine istraživana luka antičke Sepomaje te u Novigradu istarskom, gdje su nađeni dijelovi antičkog pristaništa.
Na zadarskom području Odjel posljednjih godina vodi dva velika istraživanja.

Na Grebenima kod Silbe istražuje se od 2000. godine antički brodolom iz sredine 1. st. poslije Kr. Dosada je otkriveno pedesetak rebara, dio vanjske i unutrašnje oplate, vjerojatno baza jarbola, olovni dubinomjer i ostatci brodske crpke. Osnovni su teret činile amfore Dressel 2-4 uz, za sada, po jedan primjerak rodske amfore i amfore tipa Kingsholm117. Specifičnost brodoloma je i teret kamena, ali i dvije velike brončane ovalne posude nepoznate namjene. Prvi put na Jadranu započelo se s 3D obradom lokaliteta.

Literatura:

GLUŠČEVIĆ, S., Otok Silba – Grebeni. Hidroarheološko istraživanje rimskodobnog brodoloma, Obavijesti HAD-a, XXXII/3, Zagreb 2000, 100-103.
GLUŠČEVIĆ, S., Otok Silba – Grebeni. Podmorsko istraživanje antičkog brodoloma. Druga kampanja, Obavijesti HAD-a, XXXIV/1, Zagreb 2002, 64-70.
GLUŠČEVIĆ, S., Silba – Grebeni 2002. Podmorsko istraživanje antičkog brodoloma, Obavijesti HAD-a, XXXV/1, Zagreb 2003, 84-90.
GLUŠČEVIĆ, S., Silba – Grebeni 2003. – Nastavak podmorskog istraživanja rimskodobnog brodoloma. Četvrta kampanja, Obavijesti HAD-a, XXXVI/2, Zagreb 2004, 112-118.
MAZIĆ, I., Antički brodolom na Grebenima kod otoka Silbe (izložba), Obavijesti HAD-a, XXXVI/3, Zagreb 2004, 186-187.

U Zatonu kod Zadra, nekada luci antičke Enone, Odjel je 2001. godine započeo istraživanja koja su, s iznimkom 2004., vršena do 2007. godine. Radi se o luci koja je otkrivena šezdesetih godina. Poslovi su usmjereni na otkrivanje lukobrana, kulturnih slojeva u luci i ostataka treće liburnske serilije, sasvim osobitog tipa antičkog plovila atribuiranog Liburnima i Histrima. To je treće liburnsko plovilo nađeno u ovoj luci, a u odnosu na prethodna dva ima neke konstruktivne specifičnosti.
Istraživanja vodi dr. sc. Smiljan Gluščević, muzejski savjetnik i voditelj Odjela za podmorsku arheologiju Arheološkog muzeja Zadar potporom Ministarstva kulture RH, Turističkog naselja Zaton i Turističke zajednice mjesta Zaton.

Literatura

BRUSIĆ, Z., Zaton kod Zadra – Antička luka Aenone, Arheološki pregled, 28/1987, Ljubljana 1989, 121-122.
GLUŠČEVIĆ, S., Antička luka u Zatonu kod Nina, Obavijesti HAD-a, XVI/1, Zagreb 1984, 17-18.
GLUŠČEVIĆ, S., Zaton kod Zadra – Antička luka, Arheološki pregled, 26/1985, Ljubljana 1986, 131-132.
GLUŠČEVIĆ, S., Zaton, antička luka – Nastavak istraživanja, Obavijesti HAD-a, XVIII/3, Zagreb 1986, 46-47.
GLUŠČEVIĆ, S., Neki oblici staklenog materijala iz antičke luke u Zatonu kraj Zadra, Arheološki vestnik, 37/1986, Ljubljana 1986, 255-277.
GLUŠČEVIĆ, S., Vađenje antičkog broda iz Zatona, Obavijesti HAD-a, XIX/3, Zagreb 1987, 43-44.
GLUŠČEVIĆ, S., Kvadratične staklene boce s pečatom iz rimske luke u Zatonu, Diadora, 13/1991, Zadar 1991, 147-168.
GLUŠČEVIĆ, S., Staklene čaše s udubljenjima iz rimske luke u Zatonu, Diadora, 16-17/1994-1995, Zadar 1995, 221-242.
GLUŠČEVIĆ, S., Hidroarheološko istraživanje i nalaz trećeg liburnskog broda u antičkoj luci u Zatonu kod Zadra, Obavijesti HAD-a, XXXIV/3, Zagreb 2002, 76-86.
GLUŠČEVIĆ, S., Zaton 2003. – Nastavak istraživanja antičke luke i liburnske serilie, Obavijesti HAD-a, XXXVI/2, Zagreb 2004, 104-111.